농업기술원 조직도로 운영지원과, 연구개발국, 기술지원국, 종자관리소로 구성되었으며 연구개발국은 친환경농업연구소, 식량작물연구소, 원예연구소, 차산업연구소, 과수연구소, 곤충잠업연구소, 축산연구소로 구성되었고 기술지원국은 농촌지원과, 기술보급과, 농업교육과, 자원경영과로 구성되었다. 농업기술원 연구개발국 기술지원국 운영지원과 친환경농업연구소 식량작물연구소 원예연구소 차산업연구소 과수연구소 곤충잠업연구소 축산연구소 농촌지원과 기술보급과 농업교육과 자원경영과 종자관리소
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